有機肥，主要指各種動物糞便，動植物遺體經過一定時期發酵腐熟后形成的肥料（其中包括經過加工的菜籽餅、豆餅等，是沒有異味的）。有機肥含有大量有機物質、動植物殘體、排泄物、生物廢物等物質、施用有機肥料不僅能為農作物提供全面的營養，而且肥效時間長，可增加和更新土壤有機質，促進微生物繁殖，改善土壤的理化性質和生物活性，是綠色食品生產的主要養分來源。
堆肥，以各類秸稈、落葉、青草、動植物殘體、人畜糞便為原料，與少量泥土混合堆積而成的一種有機肥料。
漚肥，所用原料與堆肥基本相同，只是在水淹情況下進行發酵而成。
廄肥，指豬、牛、馬、羊、雞、鴨等畜禽的糞尿與秸稈墊料堆漚制成的肥料。如豆科的綠豆、蠶豆、草木犀、田菁、苜蓿、笤子等。非豆科綠肥有黑麥草、肥田蘿卜、小葵子、滿江紅、水葫蘆、水花生等。
作物秸稈，農作物秸稈是重要的有機肥之一，作物秸稈含有農作所必須的營養元素，有N、P、K、Ga、S等。在適宜條件下通過土壤微生物的作用，這些元素經過礦化再回到土壤中，為作物吸收利用。餅肥有菜籽肥、棉籽肥、豆餅、芝麻餅、蓖麻餅、茶籽餅等。
泥肥，未經污染的河泥、塘泥、溝泥、港泥、湖泥等。
現在，隨著科學技術的不斷發展，通過有益菌的人工純培養技術，采用科學的提煉，可以生產出多種多樣不同品種的生物有機肥，它能改善土質、減少環境污染、增肥增效等。生物有機肥將是未來農業生產用肥的主要發展趨勢。