1.提高作物產量，改善作物質量
生物有機肥的養分釋放緩慢，氮素大多以銨離子或氨基酸的形式供給植物。進入植物細胞后，不消耗大量能量，直接參與植物細胞物質的合成。因此，使用生物有機肥后，植物生長迅速，積累了更多的必需成分和干物質，并產生良好的品質。
2.提高土壤肥力，改善土壤理化性質
使用生物有機肥不僅可以補充消耗的有機肥，還可以不斷提高土壤有機質含量。有機質經微生物分解后，可凝聚成新的腐殖質，與土壤中的其他物質結合形成有機無機復合體，可促進土壤中微團聚體結構的形成，從而協調土壤中水、肥、氣、熱之間的矛盾，改善土壤結構，使土壤疏松，提高可耕性。
3.調節微生物區系，改善土壤微生態系統
腐熟的有機肥中含有酵母、乳酸菌、纖維素分解菌等有益微生物，而帶有功能菌的生物有機肥中還含有一些有益菌，如固氮菌、硅酸鹽菌、解磷菌、光合菌、假單胞菌等。這些微生物不僅具有產生大量活性物質的能力，還具有固氮、溶磷、溶鉀的能力，有的具有抑制植物根系病原菌的能力，有的具有改善土壤微生態環境的能力。此外，在土壤中施用生物有機肥后，可以調節土壤中微生物的菌群組成，使土壤中的微生態系統結構發生有益的變化。
4.活化不溶性化合物，提高土壤的支撐能力
生物有機肥中含有固氮微生物，通過固氮酶的作用，將空氣中的氮還原為作物可以吸收利用的成分，是作物提供氮素營養的重要途徑。此外，在生物有機肥中添加一定數量的解磷微生物和硅酸鹽細菌，它們增殖并與其他土壤微生物協同作用，分解土壤中的一些原生和次生礦物質，同時釋放這些礦物質固定的磷、鉀等養分，將無效的磷、鉀轉化為可供作物吸收利用的有效養分，作物可以直接吸收利用，從而提高土壤肥力。
5.改善土壤生態，減少病蟲害的發生
生物有機肥中含有多種特異性細菌，在微生物生長繁殖過程中能分泌多種抗生素和植物生長激素，不僅能抑制植物病原微生物的活性，起到防治植物病害的作用，還能刺激作物生長，使其根系發達，促進葉綠素、蛋白質和核酸的合成，提高作物抗逆性。